Problémát jelent, hogy a minta igen könnyen kontaminálódik (105-109 spóra/m3), valamint hogy egy opportunista gomba jelenléte nem jelenti annak etiológiai szerepét.
Általában bőrből és függelékeiből, szemváladékból, exsudatumokból, vérből, liquorból, hüvely-, cervix-, alsó- és felső légúti váladékból illetve biopsziás anyagokból szktak mikológiai vizsgálatot végezni.
A spórák, hyphák, sarjadzó gombasejtek morfológia alapján definitív diagnózist jelenthetnek. Mivel a tenyésztés és a további vizsgálatok hosszadalmasak, ennek kiemelt jelentősége van. KOH-hal a gombán kívül csaknem minden feloldható a mintából. Szelektíve festhető a poliszacharid tokjuk PAS, Gömöri-féle meténamin festés (GMS) és calcifluor (CFL) módszerekkel.
Lásd: 4. A gombák tenyésztése
DNS, RNS-hibridizáción alapuló próbák, PCR. Sejtfalkomponensek kromatográfiás vizsgálata.
Nehezen használható, mivel komplex (nagy a keresztreakció valószínűsége) és gyenge antigének. Így legalább 1:32-es titer tekinthető pozitívnak, fontos a titeremelkedés figyelése. Természetesen opportunista fertőzések esetén nem informatív. C. neoformans kimutatásakor fontos a poliszacharid tok kimutatása a liquorban latex agglutináció útján.