A lipoproteinek általános jellemzője, hogy bennük a hidrofób lipidek egy hidrofil burokba csomagolva és ezáltal a plazma vizes közegétől elválasztva találhatók.
A burok részben fehérjékből áll, amelyet apoproteineknek nevezünk, továbbá foszfolipidekből, amelyek poláros csoportjaikkal a vizes közeg, apoláros csoportjaikkal pedig a lipoprotein belseje felé irányulnak.
Ebben a burokban tud helyet foglalni a koleszterin, 3-OH-csoportjával a foszfolipidek poláros feje felé fordulva; az apoláros lipidek, a trigliceridek és a koleszterin-észterek, amelyekkel kölcsönhatásba lépnek a burokban elhelyezkedő foszfolipidek apoláros csoportjai.
Ez a szerkezeti adottság minden lipoproteinre jellemző.
A különböző lipoproteinekben eltérő a lipid- és a fehérjetartalom, és ennek következtében a denzitásuk is különböző (minél magasabb a fehérjetartalom, annál nagyobb a denzitás).
A denzitás alapján történt meg a lipoproteinek megkülönböztetése, amely szerint az alábbi lipoproteinek ismeretesek:
kilomikron
VLDL
IDL
LDL
HDL
Az apoproteinek szerepe a lipoproteinek működésében összetett.
egyrészt a lipoproteinek szerkezetének alkotásában veszik ki részüket (=a lipidek oldatban tartásában vesznek részt.)
számos apoprotein emellett mintegy „megjelöli” a lipoproteineket, így a máj- és az egyéb sejteken található receptorok felismerik a lipoproteineket, endocitózissal felveszik azokat és ezáltal a keringésből eliminálják.
Az apoproteinek egy része a lipoproteinek metabolizmusában meghatározó enzimek, fehérjék működését is aktiválhatja/gátolhatja.