A HDL-nek szubpopulációi léteznek, amelyek főleg a lipidösszetételben különböznek.
A HDL2 trigliceridekben gazdagabb és nagyobb méretű, mint a HDL3. (A trigliceridek a VLDL-ről kerülnek a HDL-re, amelyek viszont koleszterin-észtereket vesznek fel a HDL-ről.)
Klinikailag is megfigyelhető, hogy táplálkozás után megnő a HDL trigliceridtartalma. A HDL-trigliceridek a máj-lipáz szubsztrátjai, a belőlük keletkező zsírsavakat a májsejtek veszik fel. A HDL2 a máj-lipáz hatására válik HDL3-má.
A HDL-ből a koleszterin-észtereket is a máj veszi fel, ahol a koleszterin a már megbeszélt utakon alakulhat tovább.
Epidemiológiai vizsgálatokban egyértelmű negatív összefüggést találtak a plazma HDL-, ezen belül is a HDL2-koleszterin-szint és az arteriosclerosis kialakulása között.
A HDL védő hatása nem teljesen tisztázott mechanizmussal működik. Lehetséges, hogy egyszerűen a reverz koleszterintranszport normális funkciójáról van szó, amely megszabadítja a sejtek és az artériák falát a felesleges koleszterintől. Nem kizárt azonban az sem, hogy a HDL közvetlenül befolyásolja az atherogenezis folyamatát.